Le 2 avril 2002, Mark Jansen (alors leader d'After Forever) est contraint de quitter son groupe. Celui-ci se penchait déjà sur un projet parallèle qui devient alors son groupe principal dès son départ. À cette époque, le groupe s'appelle « Sahara Dust ». Trois jours après, il contacte Ad Sluijter, un ami de la période After Forever, qui hésite à intégrer un second groupe, mais qui finalement après discussion, accompagne Mark dans son projet. La chanteuse Helena Iren Michaelsen rejoint ensuite Sahara Dust, tout comme le batteur Ivan Hendrickx, le claviériste Coen Janssen (le 1er mai) et le bassiste Yves Huts (le 15 juin).
Peu de temps après, Helena Iren Michaelsen et Ivan Hendrickx décident de quitter le groupe, alors qu'ils sont prêts à enregistrer leur première démo. Simone Simons, jeune soprano alors âgée de 17 ans et petite amie d'époque de Mark Jansen, réalise quelques sessions avec le groupe avant de le rejoindre définitivement le 1er octobre 2002. Le remplaçant du batteur, Jeroen Simons, complète l'effectif le 15 octobre, deux semaines seulement avant l'enregistrement de cette première démo de Sahara Dust. En novembre 2002 s'achève « Cry for the Moon » et permet au groupe de décrocher un contrat chez Transmission Records. Avec les départs des membres d'origine, le groupe se sent dans l'obligation de changer de nom, et y sera même encouragé par la maison de disques. C'est lors d'une séance d'enregistrement en écoutant le nouvel album du groupe Kamelot qu'ils se rendent compte que le titre de cet album colle parfaitement avec leur musique. C'est ainsi qu'est né le groupe Epica.
The Phantom Agony (2003)1. Adyta "The Neverending Embrace"
2. Sensorium
3. Cry for the Moon "The Embrace that Smothers - Pt. IV"
4. Feint
5. Illusive Consensus
6. Façade of Reality "The Embrace that Smothers - Pt. V"
7. Run for a Fall
8. Seif al Din "The Embrace that Smothers - Pt. VI"
9. The Phantom Agony
Consign to Oblivion (2005)1. Hunab K'U (a New Age Dawns Prologue)
2. Dance of Fate
3. The Last Crusade (a New Age Dawns #1)
4. Solitary Ground
5. Blank Infinity
6. Force of the Shore
7. Quietus
8. Mother of Light (a New Age Dawns #2)
9. Trois Vierges
10. Another Me "in Lack'Ech"
11. Consign to Oblivion (a New Age Dawns #3)
The Score - An Epic Journey (2005)1. Vengeance Is Mine
2. Unholy Trinity
3. The Valley
4. Caught in a Web
5. Insomnia
6. Under the Aegis
7. Trois Vierges (Solo Version)
8. Mystica
9. Valley of Sins
10. Empty Gaze
11. The Alleged Paradigm
12. Supremacy
13. Beyond the Depth
14. Epitome
15. Inevitable Embrace
16. Angel of Death
17. The Ultimate Return
18. Trois Vierges (Reprise)
19. Solitary Ground (Single Version)
20. Quietus (Score Version)
The Divine Conspiracy (2007)1. Prologue / Indigo
2. The Obsessive Devotion
3. Menace of Vanity
4. Chasing the Dragon
5. Never Enough
6. La' Petach Chatat Rovetz / the Last Embrace
7. Death of a Dream / the Embrace That Smothers (Part VII)
8. Living a Lie / the Embrace That Smothers (Part VIII)
9. Fools of Damnation / the Embrace That Smothers (Part IX)
10. Beyond Belief
11. Safeguard to Paradise
12. Sancta Terra
13. The Divine Conspiracy
Design your Universe (2009)
1. Samadhi - Prelude
2. Resign to Surrender - a New Age Dawns - Pt. IV
3. Unleashed
4. Martyr of the Free Word
5. Our Destiny
6. Kingdom of Heaven - a New Age Dawns - Pt. V
7. The Price of Freedom - Interlude
8. Burn to a Cinder
9. Tides of Time
10. Deconstruct
11. Semblance of Liberty
12. White Waters
13. Design Your Universe - a New Age Dawns - Pt. VI
Bonustrack (Limited Edition)
14. Incentive